В Windows XP при запуске редактора системного реестра запоминается раздел/ключ, который редактировался последним, поэтому при открытии редактора открывается именно данный раздел.
Подобная информация хранится в системном реестре в записи HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Applets\Regedit\LastKey.
Если в подобной функциональной возможности нет необходимости, указанной записи можно присваивать значение NULL при каждой регистрации в системе, для чего необходимо воспользоваться файлом .REG со следующим содержимым:
Windows Registry Editor Version 5.00
[HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Applets\Regedit]
"LastKey"=""